אבטחת המכשירים המנוהלים על ידי הגרסאות העדכניות ביותר של iOS, התגלה לאחר חלק הבקשה של ה- FBI כדי שבני קופרטינו יציעו לעקוף את קוד האבטחה כדי לגשת לתוכן ה- iPhone 5c ששימש את המחבלים בפיגועים בדצמבר האחרון בסן ברנרידו, ארצות הברית.
מאז ההתחלה אפל סירבה לפתוח אותה וליצור דלת אחורית שתאפשר לרשויות האמריקאיות לגשת לכל מכשיר בדרך זו, מה שאילץ את רשויות המדינה להיות חייבות לשכור אקספרס חיצוני שהצליח לבסוף לעשות זאת, לפחות במכשירים נחותים מהאייפון 5 אך תהליך הגישה לדגמי האייפון האחרונים מתקדם היטב.
על פי הפרסום The Verge, כמה מהנדסים של החברה נפגשו עם כמה עיתונאים בכנס שהם מקיימים באופן קבוע ובו אישרו כי החברה מבוססת קופרטינו. היא התוכנה המאובטחת ביותר בפיתוח. בנוסף הם דנו גם בבקשת הממשלה האמריקאית לחברה ליצור גרסת iOS עם דלת אחורית המאפשרת להם לגשת מתי שהם רוצים.
מהנדסי אפל טוענים כי הגנת iOS מתחילה מ- ROM האתחול או משבב הזיכרון הכולל אישור שניתן לקרוא רק על ידי החברה. אם מישהו מחוץ לחברה ינסה לשנות את גרסת iOS כדי לנסות לחדור לקוד שלהם, זה לא יעבוד מכיוון שאין להם גישה למפתח שיוצר את האישורים. הליך זה פועל מאז שחרורו של אייפון 3GS.
מפתח האתחול מבטיח שהתעודות או המפתחות המשמשים לתהליך האתחול תקפים. למרות היותו כמה שורות קוד הסיכוי להצליח למצוא תקלה ולנצל אותה הוא מעט מאוד. כמו כן המהנדסים שוב מדגישים את החשיבות בהתקנת כל העדכונים שהחברה משחררת לשוק על מנת למנוע כל סיכון אבטחה שהחברה גילתה בעבר. האפשרות שנוכל לעדכן את המכשיר כשאנחנו טוענים אותו בלילה תרמה לכך שקצב האימוץ הנוכחי של iOS 9 הוא 80%.
להצפנה תפקיד חשוב מאוד באבטחת המכשיר. אפל משתמשת לא רק בתוכנה כדי להגן על המידע שבפנים היא גם משתמשת בחומרה בזיכרונות הבזק שלה כדי לשפר את ההצפנה מהאייפון 5s, דרך האפשרות Enclave Secure שמצפנת את כל המידע שנשמר בזיכרון שלא ניתן לגשת אליו מחלקים אחרים של המכשיר.